Die Medaille zeigt auf der Vorderseite das von einem Heiligenschein umgebene Profilbildnis des Apostels Paulus. Umlaufend ist die Inschrift „PAVLVS APOSTOLVS VAS ELECTIONIS" zu lesen: „Apostel Paulus, Gefäß der Erwählung" (Gottes). Der rückwärtige Text der Medaille gibt in leicht abgeändertem Wortlaut Psalm 67,27 f. nach der Vulgata wieder. Übersetzt lautet er: „Lobt Gott den Herrn in der Höhe vor den Brunnen Israel. Da ist Benjamin, der Jüngste, in Verzückung." Der Apostel Paulus ordnete seine Herkunft dem jüngsten Stamm Jacobs, Benjamin, zu. Sein Name bedeutet auf lateinisch „der Kleine". Die Dominikaner schmückten sich gern mit dieser demütigen Selbstkennzeichnung, wiewohl sie sich sehr bald zum mächtigsten vorreformatorischen Mönchsorden entwickelten. Die besondere Patronatsbeziehung zum Apostel Paulus resultiert in erster Linie aus dem Wirken der Dominikaner als Predigerorden. Dass Paulus für Martin Luther zum biblischen Hauptzeugen der Reformation wurde, machte das Patrozinium dieser Kirche auch für die evangelische Predigt und Lehre besonders wertvoll. Es existieren heute europaweit noch weitere in Bronze gefertigte Exemplare der Paulusmedaille, unter anderem auch eine im Münzkabinett der Staatlichen Kunstsammlungen Dresden. Jüngere Forschungsergebnisse gehen inzwischen davon aus, dass es sich bei der Dresdner Paulusmedaille um das in Leipzig geborgene Original handeln könnte.
In der von der Stiftung in Auftrag gegebenen Medaillennachbildung wurde auf der Rückseite in Ergänzung des Originals zusätzlich folgender Text geprägt: "SVB PATRONATV PAVLI APOSTOLI" (in der oberen Hälfte) und "* 1229 * 1409 * 1545 * 2009*" (in der unteren Hälfte). Die Jahreszahlen erinnern an das Jahr der Klostergründung, an das Jahr der Gründung der Universität Leipzig, das Jahr der Weihe der Universitätskirche St. Pauli durch Martin Luther und das Jahr des 600-jährigen Jubiläums der Universität.